تخضع الأمانة الخاصة لسلطة السكرتير الخاص، وتتولى إدارة الملفات المخصصة لرئيس الجمهورية، وتتكون من :
● الوزير السكرتير الخاص : أحمد كوغري
نائب السكرتير الخاص : دوسة إدريس ديبي
– الإدارة العامة لإدارة العقارات
- المدير العام : حمدان بشارة عيسى جاد الله
- نائب المدير العام : السيدة عائشة حسن جاموس.
- الطبيب الخاص لرئيس الدولة : الدكتور أبكر عثمان بوكي
- إدارة الفندقة.
- يمكن أن يساعد السكرتير الخاص نائبه