• هيئة القيادة؛
• الإدارة العامة لخدمات أمن مؤسسات الدولة؛
• الإدارة العامة للاحتياطي الاستراتيجي؛
• هيئة للمراقبة العامة للجيش؛
• ضباط الاتصال؛
• الضباط العامون للقسم الثاني؛
• إدارة الاتصال اللاسليكي؛
• مركز العمليات العسكرية المشتركة.

رئيس هيئة الأركان الخاصة لرئيس الجمهورية مكلف بـ :

• متابعة الملفات المتعلقة بالدفاع الوطني والأمن العام ؛
• معالجة الملفات العسكرية والأمنية التي كلفه بها رئيس الجمهورية؛
• إجراء دراسات مستقبلية حول الوضع الأمني ​​على المستويين الدولي والوطني لصالح رئيس الجمهورية.